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O MNHN possui 10 laboratórios vocacionados para a investigação científica, e que servem de apoio às linhas de investigação desenvolvidas:
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- Laboratório de Análises e Biomonitorização Ambiental (LABA)
- Laboratório de Criptogamia - Herbário LISU
- Laboratório de Antropologia
- Laboratório de Citogenética e Identificação de espécies
- Laboratório de Ecologia e Conservação
- Laboratório de Ecologia Molecular
- Laboratório de Icnologia de Vertebrados
- Laboratório de Microvertebrados do Mesozóico Português
- Laboratório de Paleontologia de Vertebrados
- Laboratório de Sedimentologia
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