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O MNHN possui 10 laboratórios vocacionados para a investigação científica, e que servem de apoio às linhas de investigação desenvolvidas:

  1. Laboratório de Análises e Biomonitorização Ambiental (LABA)
  2. Laboratório de Criptogamia - Herbário LISU
  3. Laboratório de Antropologia
  4. Laboratório de Citogenética e Identificação de espécies
  5. Laboratório de Ecologia e Conservação
  6. Laboratório de Ecologia Molecular
  7. Laboratório de Icnologia de Vertebrados
  8. Laboratório de Microvertebrados do Mesozóico Português
  9. Laboratório de Paleontologia de Vertebrados
  10. Laboratório de Sedimentologia
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