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A investigação no MNHN está estruturada em 11 linhas de trabalho, centradas nas temáticas de biodiversidade e sistemática biológica, na geologia sedimentar dos sistemas costeiros actuais e na paleontologia de vertebrados, em consonância com a sua missão e objectivos, tirando partido dos laboratórios instalados:
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- Biomonitorização
- Biodiversidade e Conservação in situ e ex situ da flora
- Educação Ambiental, Educação para a Sustentabilidade
- Biodiversidade e Conservação de Ecossistemas Aquáticos, Estuarinos e Marinhos
- Biologia Comportamental e Comunicação Animal
- Biologia Evolutiva e Biossistemática em Organismos Aquáticos
- Antropologia Forense e Bioarqueologia
- Processos e Padrões de Diversidade em Populações de Mamíferos Terrestres
- Paleontologia de Vertebrados do Jurássico
- Paleobiologia de Vertebrados do Mezosóico de Portugal.
- Dinâmica Sedimentar Actual dos Domínios Litoral e de Plataforma de Portugal (Continental e Insular)
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