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A investigação no MNHN está estruturada em 11 linhas de trabalho, centradas nas temáticas de biodiversidade e sistemática biológica, na geologia sedimentar dos sistemas costeiros actuais e na paleontologia de vertebrados, em consonância com a sua missão e objectivos, tirando partido dos laboratórios instalados:

  1. Biomonitorização
  2. Biodiversidade e Conservação in situ e ex situ da flora
  3. Educação Ambiental, Educação para a Sustentabilidade
  4. Biodiversidade e Conservação de Ecossistemas Aquáticos, Estuarinos e Marinhos
  5. Biologia Comportamental e Comunicação Animal
  6. Biologia Evolutiva e Biossistemática em Organismos Aquáticos
  7. Antropologia Forense e Bioarqueologia
  8. Processos e Padrões de Diversidade em Populações de Mamíferos Terrestres
  9. Paleontologia de Vertebrados do Jurássico
  10. Paleobiologia de Vertebrados do Mezosóico de Portugal.
  11. Dinâmica Sedimentar Actual dos Domínios Litoral e de Plataforma de Portugal (Continental e Insular)
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